SwissCollNet setzt sich für eine bessere Erschliessung naturhistorischer Sammlungen in der Schweiz ein. Eine gemeinsame Vision und langfristige Strategie fördert die Nutzung der Sammlungen durch die Forschung, Lehre und Gesellschaft.

Bild: OscarLoRo,

Botany and Mycology

Botanik - Kryptogamen

Algae Reveal: curation, best practices and data mobilisation
Michelle Price (Conservatoire et Jardin botaniques de la Ville de Genève)

Algae are a large and diverse assembly of photosynthetic eukaryotes that are divided into three major groups (green, brown and red algae) as well as diatoms, cyanobacteria and Dinoflagellates. They range from unicellular (e.g. Chlorella) to multicellular algae (e.g. seaweeds). Informatics developments, global biodiversity data standards and the capacity to record, link and retrieve digital specimen data have led to exciting new possibilities in collection management as well in facilitating digital access to specimen data (name, geographic origin, collector(s), collection date, ecology) and to associated biological data (images, DNA sequences, chemical composition). The algae collection in G is not well-documented and it is an ‘invisible collection.’ Algae Reveal plans to change this by reorganising the collection by major group, updating scientific names and digitally processing specimens (databasing / imaging). The focus will be on types and historical specimens, and those of scientific interest or that are nationally relevant. The digitised algae will be in the Swiss Virtual Natural History Collection, contributing to efforts to mobilize Swiss natural history collections. Algae Reveal will also provide algal names, databasing and scanning protocols and best practices in curating algae collections. The SwissCollNet funding is an unprecedented opportunity to curate this unique collection and make it physically and digitally accessible for biodiversity research.

Inventory and partial digitisation of the Meister diatom collection
Alessia, Guggisberg (ETH Zürich – Vascular Plant Herbarium ZT)

Diatoms form a group of microscopic, unicellular algae found ubiquitously in aquatic habitats. Beside playing a key role in the planktonic food chain and global carbon cycle, they constitute highly sensitive bioindicators to monitor physical or chemical changes in water bodies. The Herbarium of ETH Zurich owns the biggest historical diatom collection of Switzerland by Dr Friedrich Meister (1860-1954), which served as basis for the first indigenous diatom flora, but also contains important foreign samples. We herewith propose to (i) inventory all the artefacts (about 2,000 raw probes, 12,000 microscope slides, 2,000 glass diapositives and several thousand reprints), (ii) bookmark 3,000 digitised notes and transcribe the most relevant information they entail (i.a. geographic origin and taxonomic content of the probes), (iii) scan all glass diapositives, and (iv) secure the connections between all the objects in a customised database. By making Meister’s legacy easily accessible, we will facilitate research aimed at evaluating the biotic integrity of streams and rivers in the face of pollution, climate change and the invasion of non-indigenous species in our country, support international taxonomic and systematic work necessitating Meister’s type material, lay the foundation for the (digital) management of Swiss diatom collections, and finally raise public awareness on the value of diatoms in various fields of biology.

Digitalisierung und kuratorische Aufarbeitung der Typusbelege in der Moossammlung der Vereinigten Herbarien Zürich Z+ZT
Heike Hofmann (United Herbaria Z+ZT, Department of Systematic and Evolutionary Botany, University of Zurich)

In der Sammlung der Vereinigten Herbarien Zürich Z+ZT schlummern über 1'000 Typusbelege von Moosen. Typusbelege sind konservierte Belege, anhand derer neue Arten oder Unterarten beschrieben wurden. Diese Typusbelege sind der physische Beweis für das Vorkommen von Organismen auf unserem Planeten. Sie sind daher die wichtigsten Exemplare in unseren Sammlungen.

In diesem Projekt werden die schlummernden Typusbelege der Moose aus ihrem Dornröschenschlaf geweckt. In einem ersten Schritt werden sie fachgerecht aufgearbeitet und gekennzeichnet, um sie dauerhaft vor Beschädigung und Verlust zu schützen. Anschliessend werden sie fotografiert und die Fundangaben in einer Datenbank erfasst. Schliesslich sollen alle erarbeiteten Informationen auf mehreren Kanälen online zur Verfügung gestellt werden.

Ziel dieses Projekts ist es, die Typusexemplare der Moose in der Sammlung der Vereinigten Herbarien Zürich Z+ZT zu konservieren und durch Digitalisierung für Forschende und Interessierte sichtbar zu machen. Durch die öffentliche Bereitstellung von bisher unzugänglichen Daten trägt dieses Projekt dazu bei, die bryologische Forschung in den Bereichen Artenkenntnis und Biodiversität zu fördern.

Botanik - Phanerogamen

Digitalisierung von Herbarien aus Graubünden
Ueli Rehsteiner (Bündner Naturmuseum), Reto Nyffeler (ISEB ​Universität Zürich)

Hauptziel dieses Projekts ist die Digitalisierung von drei Herbarien des Bündner Naturmuseums sowie von ausgewählten Herbarien der Vereinigten Herbarien Zürich. Diese Sammlungen umfassen insgesamt ca. 5'000 und 10'000 Belege. Sie wurden zwischen dem Ende des 19. und dem Beginn des 21. Jahrhunderts gesammelt. Die Pflanzen stammen aus den Regionen Chur, Davos, Arosa, Schanfigg, Bergell und Oberengadin.

Das Bündner Naturmuseum besitzt insgesamt 34 Herbarien, von denen bisher eines in Zusammenarbeit mit den Vereinigten Herbarien Zürich digitalisiert worden ist. Langfristiges Ziel ist es, sämtliche Herbarien zu digitalisieren. Um eine effiziente Digitalisierung und eine optimale Langzeitkonservierung zu gewährleisten, werden die Belege vorgängig auf säurefreie Papierbögen montiert. Die Digitalisierung wird bei den Vereinigten Herbarien Zürich durchgeführt, die über die nötige Infrastruktur verfügen.

Die Vereinigten Herbarien Zürich umfassen rund 2,8 Mio. Pflanzenbelege, von denen schätzungsweise 80'000 bis 100'000 in Graubünden gesammelt worden sind.

Die digitalisierten Daten sollen über die Swiss Virtual Natural History Collection (SVNHC), sowie, soweit möglich und sinnvoll, über weitere Plattformen wie die online Plattform der Vereinigten Herbarien Zürich oder Info Flora zugänglich gemacht werden. Damit werden die Informationen für Wissenschaftler und andere Interessierte zugänglich und schaffen ein grosses Potenzial für zukünftige Forschung und Zusammenarbeit.

From darkness to full light: digitization of an important collection of 19th century herbaria
Damien Becker (Jurassica Museum, Porrentruy)

Herbaria are valuable tools for botanical, ecological and historical research and are unique testimonies of the flora of past centuries. For example, today, researchers use herbaria to illustrate and understand variations in biodiversity and the impact of climate change on biodiversity. The JURASSICA Museum has a large collection of herbaria illustrating the biodiversity of Swiss flora, and more specifically that of Jura. Currently, our interest focuses on three herbaria that were assembled locally during the 19th century by renowned botanists: Jules Thurmann, Jean-Amédée Watt and Francois Joseph Bonanomi. Despite a partial inventory of plant specimens, the exploitation of these herbaria is at its very beginning yet and requires more analysis and conservation efforts. In this project, we will select and work on the maintenance of the plates, the revision of the taxonomy and the establishment of a complete inventory of plant specimens that are present in the three herbaria. We will digitize these samples with high resolution and hope to upload more than 9,000 new specimens to online databases. Our goal is to ensure the physical and digital preservation of these precious herbaria, and to guarantee their visibility and accessibility to the scientific communities and to the public.

Conditioning and open-access of important collections in Geneva and Sion: a joint venture promoting the transfer of collection management policies
Fred Stauffer (Conservatory and Botanical Garden of Geneva), Hélène Gabioud-Duinat (Musée de la Nature Sion)

The Conservatory and Botanic Garden of Geneva and the Nature Museum of Sion hold important herbarium collections that are critical for our understanding of plant diversity, both regionally and internationally. Despite their relevance to knowledge of plant biodiversity, parts of these collections have been long unavailable for on-site consultation, and their digitization to make them accessible online has been impeded or slow. In the next couple of years, our institutions are joining efforts to curate, digitalize and make available online more than 30,000 specimens. Approximately 20,000 of these, stored in Geneva, are of plants of the sunflower family (Asteraceae) and are associated with the herbarium of the renowned Geneva botanist Georges Reuter. Approximately 12,000 of the specimens, stored in the Nature Museum of Sion, come from several important regional collections gathered in the highly biodiverse canton of Wallis. Through a close partnership between our institutions, including particularly exchanges of herbarium management practices and short-term internships for the technical staff, we aim to provide public access to a scientifically and historically critical set collections that until now have been largely inaccessible to the scientific community.

Sichtbar machen: Die Aufarbeitung der Herbarien von Schaffhausen
Urs Weibel (Museum zu Allerheiligen, Schaffhausen)

Die Region Schaffhausen ist botanisch sehr reichhaltig und in ihrer Zusammensetzung sehr speziell. Die erste umfassende Zusammenstellung stammt von J.C. Laffon um 1850. Mit dem Abschluss der Schaffhauser Flora von G. Kummer rund hundert Jahre später gehörte Schaffhausen zu den floristisch bestuntersuchten Gebieten der Schweiz. Bis heute sind jedoch die Herbarien nicht aufgearbeitet und dadurch der Öffentlichkeit, der Forschung oder dem Naturschutz nur bedingt zugänglich.

Mit dem SwissCollNet-Projekt werden ab Ende 2022 die beiden Herbarien von Laffon und Kummer vollständig digitalisiert. Es handelt sich dabei um rund 7000 Herbarbelege. Die Bestimmung jeder Pflanze pro Bogen wird zuerst überprüft. Anschliessend werden die vorhandenen Angaben zum Sammler, Fundort und Datum in die Datenbank eingegeben sowie eine Fotografie des Herbarblattes erstellt. Zudem werden die Koordinaten des jeweiligen Fundortes ermittelt.

Nach Abschluss des zwei Jahre dauernden Projektes werden die Daten öffentlich zugänglich sein. Einerseits werden die Daten nationalen und internationalen Internet-Plattformen und Datenzentren übermittelt. Andrerseits sollen die Herbarbelege als Teil der virtuellen Museumssammlung online gehen. Somit können die Angaben beispielsweise für Naturschutzarbeiten genutzt werden. Zudem erlauben diese einmaligen Sammlungen wissenschaftliche Auswertungen über die Veränderungen der Schaffhauser Flora der letzten 150 Jahre. Darüber hinaus wird der reichhaltigen Schaffhauser Flora wieder vermehrt Aufmerksamkeit geschenkt, da während der gesamten Projektdauer öffentliche Veranstaltungen geplant sind.

Digitalisierung der Gentianaceae-Sammlung der Vereinigten Herbarien Zürich Z+ZT
Alessia Guggisberg (ETH Zürich - Institute für Integrative Biologie), Reto Nyffeler (Universität Zürich - Institut für Systematische und Evolutionäre Botanik)

The Gentianaceae family (ca. 1,800 species and 100 genera) occurs on all continents and in a wide range of habitats. In Switzerland, most taxa occupy fragile or threatened vegetation types. Within the United Herbaria of the University of Zurich (Z) and ETH Zurich (ZT), the Gentianaceae family comprises ca. 25,000 vouchers, of which half (52%) are indigenous. Thanks to a recent and complete inventory of our holdings, we know that 58 genera are represented in our herbaria and that the majority of the specimens (51%) are assigned to the emblematic genus Gentiana. We also estimate that more than 40% of the 727 inventoried species need to be corrected due to determination errors or obsolete nomenclature. This outdated classification notably prevents the integration of an important donation from 2020. We therefore propose to revise the integrity of the Gentianaceae family and simultaneously digitise (i.e. image, transcribe and georeference) all the specimens.

Digitalisierung von Herbarbelegen in den Naturmuseen von St.Gallen und Winterthur
Alfred Brülisauer (Naturmuseum St. Gallen), Sabrina Schnurrenberger (Naturmuseum Winterthur)

Das Ziel unseres Projekts ist, die botanischen Sammlungen der Naturmuseen von St.Gallen und Winterthur für die Öffentlichkeit zugänglich zu machen. In St.Gallen steht dabei die Erfassung der Belege aus der Sammlung «Flora von St.Gallen und Appenzell» im Zentrum. Insgesamt sollen etwa 25'000 Herbarbelege digitalisiert werden. Dazu gehört die Erfassung der Taxonomie, der Information zur Sammlerin oder des Sammlers, des Sammeldatums, der Ökologie des Fundorts sowie die geografische Erfassung des Fundorts mit Hilfe der Schweizer Landeskoordinaten. Gleichzeitig planen wir die fotografische Erfassung von etwa 45'000 Herbarbelegen und deren Verknüpfung mit der vorgängig erfassten Information aus Belegetiketten. Zur fotografischen Erfassung wird ein geeigneter Scanner angeschafft. Alle Daten und die zugehörigen Bilder werden am Ende des Projekts auf das Online-Portal SVNHC (Swiss Virtual Natural History Collection) hochgeladen und damit der Öffentlichkeit zur Verfügung gestellt. Neben der digitalen Erfassung geht es bei diesem Projekt auch um einen Transfer von Erfahrungen bei der digitalen Erfassung von botanischen Belegen vom Naturmuseum St.Gallen nach Winterthur.

Digitization of the MJBC Rubus herbarium collection
Patrice Descombes (aturéum, Lausanne)

The study of brambles (Rubus L.) has been neglected for decades in Europe and Switzerland. Yet, a recent increase of interest for this complex taxonomic group fostered a high dynamic of interactions between Rubus specialists. In this sense, the MJBC play a central role, as they host an important collection of 9500 Rubus specimens, 4500 of which come from Philippe-Jacques Müller (1832-1889), a famous botanist of the 19th century who described many species. However, this collection, which has an international importance and a high scientific value, is not databased nor digitized and is poorly accessible to researchers, which makes it a perfect candidate project within the SwissCollNet initiative. Our project consists in a detailed research on this collection for making it accessible to scientists and to the public. To achieve this, the collection requires special reconditioning, taxonomic revision, digitization, databasing, as well as identification of type specimens. The taxonomic revision will be performed by Rubus specialists and the taxonomic expertise gained by our staff from the transfer of knowledge will enable a long-term monitoring of the collection. This project will have an important scientific impact and significantly contribute to the availability of natural history collections held in Switzerland.

Effiziente Digitalisierung von Herbarbelegen durch Einsatz von Digitalisierstrassen
Katja Rembold (Herbarium Botanischer Garten der Universität Bern), Christian Sprecher (Naturama Aargau)

Herbarbelege eignen sich hervorragend für die Digitalfotografie, da viele wichtige Eigenschaften auf einem einzigen Bild festgehalten werden können. Der Prozess, qualitativ hochwertige Fotos von grossen Sammlungen anzufertigen, kann durch den Einsatz von Digitalisierstrassen stark beschleunigt werden. Durch dieses Schnellverfahren mit einem Fliessbandsystem können bis zu 4.000 Belege pro Tag digitalisiert werden, was eine bestimmte Qualität der Belege erfordert (auf Herbarbögen montiert, in gutem Zustand, korrekt beschriftet). Die Herbarien des Botanischen Gartens der Universität Bern und des Naturamas Aargau, zählen zusammen rund 90.000 Herbarbelege, die diesen Anforderungen entsprechen. Die ausgewählten Belege werden zu einer professionellen Firma geschickt (Picturae), welche eine Digitalisierstrasse betreibt. Bei Projektende sind alle 90.000 Belege mit Barcodes versehen, fotografiert und die Daten der Etiketten sind elektronisch erfasst und stehen zur Publikation zur Verfügung (Info Flora Pflanzendatenbank und Schweizerische virtuelle Naturhistorische Sammlung). Auf diesen Weg steigern wir die Sichtbarkeit und Zugänglichkeit unserer Sammlungen und erschliessen Informationen, die bisher nur auf Anfrage nach Daten, Leihgaben oder vor Ort zugänglich waren. Beide Sammlungen repräsentieren ein einzigartiges kulturelles und wissenschaftliches Erbe und ihre Digitalisierung ist ein wichtiger Beitrag zum Schutz und Instandhaltung dieser Kulturgüter von nationaler Wichtigkeit.


Digitalisierung von pflanzenpathogenen Pilzen in den Fungarien Z+ZT und G (Zürich und Genf)
Reinhard Berndt (ETH Zurich), Juan Carlos Zamora (Conservatoire et Jardin botaniques Ville de Genéve (CJBG))

Die Herbarien in Zürich und Genf besitzen wichtige pilzkundliche Sammlungen (Fungarien), die alle Pilzgruppen umfassen und aus allen Teilen der Welt stammen. Besonders umfangreich sind die Teilsammlungen der pflanzenparasitischen Rost-, Brand- und Mehltaupilze, die in beiden Fungarien zusammen ca. 150'000 Exemplare zählen.

Unser Projekt dient dazu, die Sammlungen der pflanzenparasitischen Pilze digital zugänglich zu machen, indem die Belege, soweit nötig, zunächst eine Zugangsnummer erhalten, konservatorisch aufbereitet und nomenklatorisch revidiert werden. Anschliessend werden die Belege in einer Datenbank erfasst und – je nach Anforderung – auf zwei unterschiedlichen Niveaus photographisch digitalisiert. Alle Belege werden «einfach» digitalisiert, indem Fotos der Etiketten aufgenommen werden, die die kompletten originalen Sammeldaten zeigen. Die besonders wertvollen Typusbelege werden zusätzlich «tiefendigitalisiert». Für die Tiefendigitalisierung werden nach geeigneter Präparation Makrofotos der Objekte und Mikrofotos ihrer mikroskopischen Merkmale aufgenommen.

Im Rahmen des Projekts werden in Zürich die Rost-, Brand- und Mehltaupilze komplett bearbeitet; Genf wird sich zunächst auf die Rost- und Brandpilze beschränken. Die durchgeführten Arbeiten sind ein wesentlicher Schritt auf dem Weg zu einem digitalen Inventar der pflanzenparasitischen Pilze der Schweiz.

Bestimmung, Revision und Datenerfassung der Flechtensammlungen aus vier Schweizer Naturmuseen
Hannes Geisser (Naturmuseum Thurgau), Sabrina Schnurrenberger (Naturmuseum Winterthur), Urs Weibel (Museum zu Allerheiligen Schaffhausen, Matthias
Meier (Naturmuseum St. Gallen)

Der Digitalisierungsstand naturkundlicher Sammlungen in der Schweiz ist nachwievor unbefriedigend. So hat die Akademie der Wissenschaften Schweiz kürzlich festgestellt, dass rund 80 % der naturkundlichen Sammlungen in der Schweiz noch auf ihre Digitalisierung warten. Dies ist angesichts der globalen Umweltveränderungen und der aktuellen Biodiversitätskrise bedauerlich, denn naturkundliche Sammlungen könnten wichtige Grundlagen für die Erforschung der Auswirkungen menschlicher Aktivitäten auf die Umwelt liefern.

Vier Naturmuseen aus der Nordostschweiz, die Naturmuseen Thurgau, Winterthur und St. Gallen und das Museum zu Allerheiligen Schaffhausen, möchten hierzu einen Beitrag leisten, indem sie ihre Flechtensammlungen gemeinsamen aufarbeiten und die Sammlungsdaten digital erfassen. Bearbeitet werden gesamthaft rund 4'000 Flechtenbelege aus einem Zeitraum von 1850 bis zur Jahrtausendwende.

Flechten sind insbesondere als Bioindikatoren für die Erkennung von Umweltveränderungen von Bedeutung: Aufgrund ihrer Physiologie reagieren sie beispielsweise sehr empfindlich auf Luftverschmutzung, und ihre Langlebigkeit hat kumulative Auswirkungen von Umweltstressoren zur Folge. Darüber hinaus wurde kürzlich gezeigt, dass Flechten auch als Indikatoren für klimatische Veränderungen dienen können. Mit der Aufarbeitung ihrer Flechtensammlungen machen die vier Museen diese für die wissenschaftliche Bearbeitung solcher und anderer Themengebiete zugänglich.

Gemischte Projekte

Digitalisierung von getrockneten, ungepressten Pflanzenteilen und den dazugehörigen Herbarbelegen
Alexander Kocyan (Botanical Museum of the University of Zurich), Reto Nyffeller (United Herbaria of the University of Zurich), Katja Rembold (Herbarium of the Botanical Garden of the University of Bern), Sabrina Schnurrenberger (Nature Museum of Winterthur)

Gepresste und getrocknete, auf Papierbögen montierte Pflanzen und Pilze, werden Herbarbelege genannt. Diese verlieren aber durch das Pressen ihre 3-dimensionale Struktur, während luftgetrocknete, ungepresste Pflanzenteile ihre Struktur und Form behalten. Ungepresste Objekte können sehr gross oder sehr klein sein und wurden deshalb separat von den gepressten Pflanzen aufbewahrt – oft als Einzelobjekte zu Herbarbelegen gehörend – und oft auch vergessen. Solche Sammlungen sind noch heute analog und digital kaum erfasst, trotz einmaliger wissenschaftlicher und kultureller Bedeutung. Ein Konsortium aus vier Schweizerischen naturhistorischen Sammlungen (Botanisches Museum der Univ. Zürich, Vereinigte Herbarien der Univ. Zürich und der ETH Zürich, Herbarium des Botanischen Gartens der Univ. Bern, Naturmuseum Winterthur) wird ± 5150 historische Objekte und 10000 möglicherweise zugehörige Herbarbelege digitalisieren. Damit diese Sammlungen konserviert und einem weiten Publikum aus Spezialisten und Laien national und international zugänglich werden, verfolgt unser Projekt vier Hauptziele: Restaurierung, Artbestimmung, Digitalisierung und Herstellung eines Bezugs zu Herbarbelegen. Alle Daten werden der ‘Schweizerischen virtuellen Naturhistorischen Sammlung’ zur Verfügung gestellt. Unser Projekt soll neue sammlungsrelevante Forschungsfragen und Kollaborationen ermöglichen und die Sammlungen als Teil des reichen kulturellen und wissenschaftlichen Erbes der Schweiz sichtbar machen.

Ermöglichung des digitalen Zugangs zu den historischen Herbarien des 16. bis 18. Jahrhunderts in Basel
Jurriaan Michiel de Vos (Herbaria Basel, Department of Environmental Sciences, University of Basel)

Das Sammeln von Herbarien begann im 16. Jahrhundert in Italien, aber Basel (Schweiz) wurde bald zu einem wichtigen Zentrum. Der Basler Prof. Caspar Bauhin (1560-1624) hatte auf Forschungsreisen gelernt, wie man Pflanzen dauerhaft konservieren kann. Damit begründete er weltweit eine der ältesten Traditionen des Pflanzensammelns. Auf der Grundlage seines Herbariums erstellte er ein Verzeichnis aller bekannten Pflanzen (1623), das Linnaeus stark beeinflusste, der 1753 die moderne Pflanzennomenklatur begründete. Bauhins Herbarium, eines der ältesten weltweit, ist somit von einzigartigem historischem und wissenschaftlichem Wert: es belegt vier Jahrhunderte Veränderungen in der Flora, Systematik, Pflanzenevolution und Wissenschaftsgeschichte. Allerdings ist es noch nicht vollständig digitalisiert, was ihre Nutzung in der Forschung stark behindert. In ähnlicher Weise sind vier weitere historische und wissenschaftlich wichtige Herbarien ebenfalls von grosser Bedeutung, aber digital nicht zugänglich. In diesem Projekt werden wir die fünf wichtigsten Basler historischen Herbarien digital erschliessen (neben Bauhin, J Hagenbach 1595-1640, JR Stähelin 1724-1800, W Lachenal 1736-1800, JL Buxtorf 1736-1804), in unsere Datenbank integrieren, so dass sie den internationalen Standards entsprechen, und wir sie online präsentieren und teilen können. Ausserdem ergänzen oder ersetzen wir beschädigte Schutzmaterialien, um (zukünftige) Schäden durch die Handhabung zu minimieren.

Reconditioning, digitization, databasing and revision of the lichen collections in Neuchâtel, Lausanne, and Geneva
Jason Grant
(Université de Neuchâtel), Patrice Descombes (Naturéum, Lausanne, Martin Stuber (Université de Berne), Michelle Price (Conservatoire et jardins botaniques de la ville de Genève)

Switzerland has an estimated 2’000 species of lichens and many of the Types of these largely broad-ranging species were based on Swiss material. Therefore, the aim of this project is to demonstrate the local, national, and international value of overlooked Swiss lichen collections, and make available this material that is currently inaccessible to researchers by implementing a collaborative project on the lichen collections in Neuchâtel (estimated 10’000 specimens), Lausanne (about 11’300), and Geneva. This project requires special reconditioning, digitization, databasing, taxonomic revision, as well as a search for Types. The platform hallerNetbased in Bern will provide the technical infrastructure for the project.

Notably, these lichen collections have the complete main sets of material collected by Swiss naturalist Schleicher. His collections were used by others to describe many new species yet have never been systematically studied. Schleicher in the Alps and his contemporaneous correspondent Chaillet in the Jura in Neuchâtel sent material to notable mycologists such as Acharius in Uppsala (a student of Linnaeus, whose material was later sold to Helsinki), de Candolle in Geneva, Persoon in Paris, and Fries in Lund. These important collections abroad are being studied within the framework of a Swiss National Science Foundation Sinergia grant, while the corresponding Swiss material will be studied in this SwissCollNet project.

Digitisation of the herbaria of Fribourg (NHMF) and Bern (BERN)
Gregor Kozlowski (Natural History Museum Fribourg (NHMF)), Katja Rembold (Herbarium of the Botanical Garden of the University of Bern)

The Natural History Museum of Fribourg and the Botanical Garden of the University of Bern preciously preserve herbarium collections of naturalists who have explored and surveyed the flora not only of Switzerland but almost all over the world and over the last two centuries. The dried plants and the information they have meticulously collected represent a wealthy source of information of primary importance allowing researchers to reconstruct the ancient flora and its evolution on a given territory. Faced with the generalized and dramatic erosion of biodiversity that we are currently experiencing, data from such herbaria have become essential in the development of conservation activities and action plans such as for endangered species.

However, all these data are only useful if researchers and nature conservationists can easily access them thanks to the digitization of these collections. With this in mind, the Natural History Museum of Fribourg and the Botanical Garden of Bern have decided to join forces to accelerate the digitization of their herbarium collections. A close collaboration will allow both institutions to save a considerable amount of time and avoid many pitfalls in the demanding work of digitizing these collections. This partnership will be marked by the joint training of two young botanists who will have the mission of highlighting the botanical heritage collections of the cantons of Fribourg and Bern and their treasures that are just waiting to be discovered.

Auf den Spuren von Sarasin & Christ: Digitalisierung von Farnpräparaten in den Herbarien von Basel und Zürich
Jurriaan de Vos (Herbaria Basel, Departement Umweltwissenschaften - Botanik, Universität Basel), Alessia Guggisberg (Institute of Integrative Biology, ETH Zurich), Reto Nyffeler (Insitute of Evolutionary and Systematic Botany, University of Zurich)

Viele der ersten Pflanzenbeschreibungen basierten auf Material, das von abenteuerlichen Sammelexpeditionen und bemerkenswerten Persönlichkeiten stammte, wie etwa den berühmten Basler Cousins Sarasin (Fritz & Paul, 1850er-1940er Jahre), die die Kultur- und Naturgeschichte sowie den Naturschutz permanent beeinflussten. Leider wurden ihre botanischen Sammlungen, von denen viele aus Südostasien stammen, im Vergleich zu ihren berühmten zoologischen und ethnografischen Sammlungen vernachlässigt, obwohl sie für die Taxonomie von entscheidender Bedeutung sind. Hermann Christ (1833-1933) beschrieb zum Beispiel viele neue Farnarten aus diesen Sammlungen. Aufgrund historischer Vernachlässigung und fehlender Digitalisierung sind sie für die heutige Wissenschaft unzugänglich.

In diesem Projekt erschliessen wir die botanischen Schätze der Sarasin-Cousins, indem wir Tausende von Sarasin-Exemplaren in den Herbarien Basel und den Vereinigten Herbarien Zürich kuratorisch aufwerten, taxonomisch aktualisieren und digitalisieren. Durch die Ausweitung unserer Digitalisierungsbemühungen auf weitere Farn-Exemplare in unseren Herbarien werden wir 60'000 digitale Exemplare für Wissenschaft und Gesellschaft öffentlich zugänglich machen.

Historische schweizerische Alkoholsammlungen von Pflanzen und Pilzen: seltene und verborgene Schätze
Alexander Kocyan (Botanisches Museum der Universität Zürich), Katja Rembold (Herbarium of the Botanical Garden of the University of Bern)

Sammlungen von in Alkohol eingelegten Pflanzen und Pilzen – auch Nasssammlungen genannt –sind rar, weil diese Organismen meist als gepresste Herbarbelege oder getrocknete Objekte aufbewahrt werden. Die Nasskonservierung hat aber den Vorteil, dass 3-dimensionale Strukturen, z.B. von Blüten oder Pflanzengewebe, erhalten bleiben. Unseres Wissens beherbergen das Botanische Museum der Universität Zürich und das Herbarium des Botanischen Gartens der Universität Bern mit ± 2250 Präparaten die grössten historischen Nasssammlungen der Schweiz. In beiden befinden sich einmalige Sammlungsstücke, insbesondere auch Typusmaterial, die vor mehr als 100 Jahren gesammelt wurden. Das teils kunstvoll arrangierte Material wird in handgefertigten Gläsern aufbewahrt. Beide Sammlungen sind deshalb Teil des kulturellen und wissenschaftlichen Erbes der Schweiz. Leider hat an ihnen der Zahn der Zeit genagt; sie müssen dringend restauriert werden. Zudem enthalten einige Behälter giftiges Formaldehyd. Um den Erhalt dieser Sammlungen zu sichern und sie der Forschung zugänglich zu machen, hat dieses Projekt vier Hauptziele: Entgiftung, Restaurierung, Artbestimmung und Digitalisierung. Bei Projektende werden alle Daten der ‘Schweizerischen virtuellen Naturhistorischen Sammlung’ zur Verfügung gestellt. Unser Projekt trägt insbesondere durch die Digitalisierung zum Objektschutz, aber auch zur Sichtbarkeit bei und öffnet die Möglichkeiten für neue Forschungsfragen und Kollaborationen.

Digitization of the Swiss botanical biobanks for seeds and DNA
Perret Mathieu (Conservatoire et Jardin botaniques de la Ville de Genève), Andreas Ensslin, Yamama Naciri, Raoul Palese (Conservatoire et Jardin botaniques de Genève)

Biodiversity repositories such as seed and DNA banks are fundamental pillars to study and conserve our natural capital. Seeds as living organisms open the possibility for research, not only on the seeds themselves, but also on the development, ecology and biology of the plant they growth into. DNA collections in turn are of strategic importance for genetic research, particularly for inferring the phylogenetic relationships among lineages and assessing the genetic diversity within wild species or cultivated crops. Despite the importance of these genetic resources, the databasing of the information associated to these samples is not yet properly achieved. The data of the national seed bank and CJBG DNA bank is indeed scattered into different files not accessible to the public. Our aim is to digitise these existing pieces of information using the database system Botalista ( This project will facilitate the management of these biobanks and the development of common curation practices across the different sites and institutions. It will also secure the link between the sample object and the rich biodiversity information related to it (e.g. herbarium specimens, species biology and distribution, germination tests, genetic data) and will allow data transfer towards dedicated biodiversity portals including Info Flora, GBIF and the Swiss Virtual Natural History Collection (SVNHC), once it is operational.