SwissCollNet s’engage à améliorer l'accessibilité de ses collections. Une vision commune et une stratégie à long terme favoriseront l'utilisation des collections d'histoire naturelle pour la recherche, l'enseignement et la société.

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Botany and Mycology

Botanique - Cryptogames

Digital mobilisation and curation of Type specimens in the bryophyte collection of the United Herbaria Zurich Z+ZT
Heike Hofmann (United Herbaria Z+ZT, Department of Systematic and Evolutionary Botany, University of Zurich)

More than 1,000 type specimens of bryophytes are hidden in the collection of the United Herbaria Zurich Z+ZT. Type specimens are preserved specimens that have been used to describe new species or subspecies. These type specimens are the physical evidence for the occurrence of organisms on our planet. They are therefore the most important specimens in our collections.

In this project, these hidden type specimens of bryophytes will be awakened from their slumber. In a first step, they will be professionally curated in order to protect them permanently from damage and loss. Then they will be photographed and the information on the labels is recorded in a database. Finally, all the information gathered will be made available online through several channels.

The aim of this project is to permanently conserve the type specimens of bryophytes in the collection of the United Herbaria Zurich Z+ZT and to make them visible to researchers and interested parties through digitisation. By making previously inaccessible data publicly available, this project contributes to enhancing bryological research in the fields of species knowledge and biodiversity.

Botanique - Phanérogames

Conditionnement et libre accès des collections importantes à Genève et à Sion : une entreprise commune favorisant le transfert des politiques de gestion des collections
Fred Stauffer (Conservatoire et Jardin botaniques de Genève), Hélène Gabioud-Duinat (Musée de la Nature Sion)

Les Conservatoire et Jardin botaniques de Genève et le Musée de la Nature de Sion abritent d'importantes collections d'herbiers fondamentales pour notre compréhension de la diversité végétale, tant à l'échelle régionale qu'internationale. Malgré leur pertinence pour la connaissance de la biodiversité végétale, certaines d'entre elles sont longtemps restées indisponibles pour une consultation sur place, et leur numérisation et leur accessibilité en ligne à travers des plateformes en libre accès fortement entravées. Durant les deux prochaines années, nos institutions uniront leurs efforts pour entreprendre le conditionnement et l'accès en ligne de plus de 30'000 échantillons. Quelque 20'000 d’entre eux appartenant à la famille du tournesol (Asteraceae) sont conservés à Genève et ont été réunis par le célèbre botaniste genevois Georges Reuter, et près de 12'000 échantillons sont conservés au Musée de la Nature de Sion et représentent d’importantes collections régionales récoltées dans le canton du Valais, connu pour sa très haute biodiversité. Grâce à la mise en œuvre d'un partenariat étroit entre nos institutions, axé principalement sur l'échange de politiques de gestion d'herbier et sur la mise en œuvre de stages de courte durée pour le personnel technique, nous avons pour objectif de fournir un accès public à un ensemble de collections scientifiquement et historiquement essentielles, et pourtant actuellement quasi totalement indisponible pour la communauté scientifique.

Making visible: the reconditioning of the herbaria of Schaffhausen
Urs Weibel (Museum zu Allerheiligen, Schaffhausen)

The Schaffhausen region is botanically very rich and very special in its composition. The first comprehensive compilation of the plant species was made by J.G. Laffon around 1850. With the completion of G. Kummer's Schaffhausen Flora about a hundred years later, Schaffhausen was one of the best floristically studied areas in Switzerland. To this day, however, the herbaria have not been processed and are thus only accessible to the public, research or nature conservation to a limited extent. With the SwissCollNet project, the two herbaria of Laffon and Kummer will be completely digitised from the end of 2022. This involves around 7000 herbarium specimens. The identification of each plant per sheet will first be checked. Subsequently, the available information on the collector, place of discovery and date are entered into the database and a photograph of the herbarium leaf is created. In the next step, the coordinates of the respective site are determined. After completion of the two-year project, the data will be publicly accessible. On the one hand, the data will be transmitted to national and international internet platforms and data centres. On the other hand, the herbarium specimens will go online as part of the virtual museum collection. In this way, the data can be used, e.g. for nature conservation work. In addition, these unique collections allow scientific evaluations of the changes in the flora of Schaffhausen over the last 150 years. In addition, the rich flora of Schaffhausen will once again receive increased attention, as public events are planned throughout the duration of the project.

Numérisation de la collection de Gentianaceae des Herbiers Réunis Z+ZT de Zurich
Alessia Guggisberg (Alessia Guggisberg (ETH Zürich - Institute Integrative Biology), Reto Nyffeler (University Zürich - Institute for Systematic and Evolutionary Botany)

La famille des Gentianaceae (environ 1'800 espèces et 100 genres) est répandue sur tous les continents et dans de nombreux milieux naturels. En Suisse, la plupart des taxons occupent des habitats fragiles ou menacés. Au sein des Herbiers Réunis de l'Université de Zurich (Z) et de l’École Polytechnique Fédérale de Zurich (ZT), la famille des Gentianaceae englobe environ 25'000 échantillons, dont la moitié (52%) est indigène. Grâce à un inventaire récent et complet de nos collections, nous savons que 58 genres sont représentés dans nos herbiers et que la majorité des spécimens (51%) sont attribués au genre emblématique Gentiana. Nous estimons également que plus de 40% des 727 espèces répertoriées doivent être corrigés en raison d’erreurs de détermination ou de nomenclature obsolète. Cette classification désuète empêche notamment l’intégration d’une importante donation de 2020. Nous proposons donc de réviser l’intégralité de la famille des Gentianaceae et de simultanément numériser (c'est-à-dire de photographier, transcrire et géoréférencer) l’ensemble des échantillons.

Digitisation of Herbarium specimens of the Museums of Natural History in St.Gallen and Winterthur
Alfred Brülisauer (Naturmuseum St. Gallen), Sabrina Schnurrenberger (Naturmuseum Winterthur)

Our project aims at providing open access to the botanical collections of the Museums of Natural History in St.Gallen and Winterthur. For St.Gallen the main focus lies on the collection “Flora von St.Gallen und Appenzell”. The digitising of about 25’000 herbarium specimens includes capturing information on taxonomy, collector, collection date, habitat, locality of the finding place including georeferencing in the Swiss system of coordinates. At the same time, we also plan to scan the images of 45'000 specimens and link these digitally to the original label information. For scanning the specimens a suitable scanner will be purchased. Towards the end of the project all data including images will be uploaded to the SVNHC for public access. In addition to the digitization and imaging of the specimens a goal of this project is the transfer of knowledge and experience on herbarium digitization from the Natural History Museum of St.Gallen to Winterthur.

Numérisation de l’herbier des ronces des MJBC
Patrice Descombes (Musée et Jardins botaniques cantonaux (MJBC))

L'étude des ronces (Rubus L.) a été négligée pendant des décennies en Europe et en Suisse. Pourtant, un récent regain d'intérêt pour ce groupe taxonomique complexe a favorisé une forte dynamique d'interactions entre les spécialistes des Rubus. Dans ce sens, les MJBC jouent un rôle central, car ils abritent une importante collection de 9500 spécimens de Rubus, dont 4500 proviennent de Philippe-Jacques Müller (1832-1889), célèbre botaniste du 19e siècle qui a décrit de nombreuses espèces. Cependant, cette collection, qui a une importance internationale et une grande valeur scientifique, n'est ni saisie ni numérisée et est peu accessible aux chercheurs, ce qui en fait un projet candidat parfait dans le cadre de l'initiative SwissCollNet. Notre projet consiste en une recherche détaillée sur cette collection afin de la rendre accessible aux scientifiques et au public. Pour y parvenir, la collection nécessite un reconditionnement spécial, une révision taxonomique, une numérisation, une mise en base de données, ainsi que l’identification des spécimens types. La révision taxonomique sera effectuée par des spécialistes des Rubus et l'expertise taxonomique acquise par notre personnel grâce au transfert de connaissances permettra un suivi à long terme de la collection. Ce projet aura un impact scientifique important et contribuera de manière significative à la disponibilité des collections d'histoire naturelle conservées en Suisse.

Rapid digitization of herbarium specimens by conveyor belt
Katja Rembold (Herbarium of the Botanical Garden of the University of Bern), Christian Sprecher (Naturama Aargau)

Herbarium specimens are well suited for digital imagery, since many important features can be captured in one picture. The process of taking good quality images of large collections can be immensely accelerated by using a rapid digitalization process by conveyor belt that can photograph up to 4,000 specimens per day. For this technique, the specimens require a certain quality (mounted on herbarium sheets, good condition and correctly labelled). The herbaria of the Botanical Garden of the University of Bern (BOGA) and the Naturama Aargau (NAAG), count a total of 90,000 herbarium specimens that are ready for rapid digitalization. These specimens will be sent to a professional company (Picturae) that runs a conveyor belt. At the end of this project, all 90,000 specimens will be barcoded, photographed and the label information will be transcribed, electronically recorded and ready for publication at the Info Flora national plant database and the Swiss Virtual Natural History Collection. This way, we immensely improve the visibility and accessibility of our collections and unlock information that is currently only accessible by visiting the collections on site or on request by asking for data or loans. Both collections represent unique Swiss cultural and scientific heritages and their digitalization is a valuable contribution to the protection and conditioning of these Swiss cultural possessions of national importance.

Mycologie

Digitizing plant-pathogenic fungi in the fungaria Z+ZT and G (Zurich and Geneva)
Reinhard Berndt (ETH Zurich), Juan Carlos Zamora (Conservatory and Botanical Garden Geneva (CJBG))

The herbaria of Zurich and Geneva house important mycological collections (fungaria) that include specimens from all fungal groups and geographic regions of the world. Plant-pathogenic micro-fungi, namely rust- smut and mildew fungi, are particularly well represented in both fungaria and count approx. 150,000 specimens.

Our project aims at developing the collections of the named fungal groups at all curatorial levels. The specimens will first be accessioned and conditioned for imaging and then be databased and photographed. Accessioning includes tagging of the specimens with an accession number and updating their nomenclature. Upon accessioning and eventual conditioning, the specimens will be databased and imaged at two different depths according to their scientific importance: In all specimens, we will take photographs of the

labels to capture the complete original collection data; type specimens will be “deep-digitized” in addition which means that macro- and microphotographs of the specimens’ distinctive morphological characters are taken after suitable preparation.

In the course of the project, the fungarium in Zurich will treat its complete rust, smut- and mildew fungi collections while Geneve will restrict its work to rust and smut fungi. On the whole, the present project is considered as a first and major step towards the ultimate goal, a full digital inventory of plant-pathogenic fungi in Switzerland.

Re-determination, revision and databasing of four Swiss lichen collections to aid research
Hannes Geisser (Naturmuseum Thurgau), Sabrina Schnurrenberger (Naturmuseum Winterthur), Urs Weibel (Museum zu Allerheiligen Schaffhausen, Matthias Meier (Naturmuseum St. Gallen)

The state of digitisation of natural history collections in Switzerland is still unsatisfactory. The Swiss Academy of Sciences recently found that around 80% of natural history collections in Switzerland are still waiting to be digitised. This is regrettable in view of global environmental changes and the current biodiversity crisis, because natural history collections could provide important data resources for research into the impact of human activities on the environment.

Four nature museums in north-eastern Switzerland, Naturmuseum Thurgau, Naturmuseum Winterthur, Naturmuseum St. Gallen and Museum zu Allerheiligen Schaffhausen, would like to contribute to this by jointly processing their lichen collections and digitally recording the collection data. A total of around 4,000 lichen specimens from the period from 1850 to the turn of the millennium will be processed.

Lichens are particularly important as bioindicators for the detection of environmental changes: due to their physiology, they react very sensitively to air pollution, for example, and their longevity results in cumulative effects of environmental stressors. Furthermore, it has recently been shown that lichens can also serve as indicators of climatic changes. By processing their lichen collections, the four museums are making them accessible for scientific work on such and other topics.

Projets mixtes

Numérisation des herbiers de Fribourg (NHMF) et de Berne (BERN)
Gregor Kozlowski (Natural History Museum Fribourg (NHMF)), Katja Rembold (Herbarium of the Botanical Garden of the University of Bern)

Le Musée d’histoire naturelle de Fribourg et le Jardin botanique de l’Université de Berne conservent précieusement les collections d’herbiers des naturalistes qui ont exploré et recensé la flore de toute la Suisse, mais aussi du monde entier au cours de ces deux derniers siècles. Les plantes séchées et les informations qu’ils ont méticuleusement collectées représentent une source d’informations de première importance permettant aux chercheurs de reconstituer la flore ancienne et son évolution sur un territoire donné. Face à l’érosion dramatique de la biodiversité que nous traversons actuellement, les données provenant des herbiers sont devenues essentielles pour le développement de plans de conservation en faveur des espèces menacées.

Toutes ces données n’ont cependant d’utilité que si les chercheurs et les conservateurs de la nature peuvent y accéder facilement grâce à la digitalisation des collections d’herbiers. C’est dans cette optique que les deux institutions ont décidé d’unir leurs forces afin d’accélérer la digitalisation de leurs collections. Une étroite collaboration permettra de gagner un temps considérable et d’éviter de nombreux écueils dans le travail complexe de numérisation des collections d’herbiers. Ce partenariat sera marqué par la formation commune de deux jeunes botanistes qui auront pour mission de mettre en valeur les collections botaniques patrimoniales des cantons de Fribourg et de Berne et leurs trésors qui ne demandent qu’à être découverts.

In the footsteps of Sarasin & Christ: digitizing fern specimens at the herbaria in Basel and Zurich
Jurriaan de Vos (​Herbaria Basel, Department of Environmental Sciences - Botany, University of Basel), Alessia Guggisberg (Institute of Integrative Biology, ETH Zurich), Reto Nyffeler (Insitute of Evolutionary and Systematic Botany, University of Zurich)

Many of the first descriptions of plants were based on material stemming from adventurous collection expeditions and remarkable personalities, such as the famous Sarasin cousins (Fritz & Paul, 1850s-1940s) from Basel, who profoundly impacted cultural and natural history and conservation. Sadly, their botanical collections, many from southeast Asia, were neglected compared to their famous zoological and ethnographic collections, even though they are critically important for taxonomy. For instance, Hermann Christ (1833-1933) described many new fern species from these collections. Yet, historic neglect and lack of digitalization renders them inaccessible to present-day science.

In this project, we unlock the botanical treasure trove of the Sarasin cousins by conditioning, taxonomic updating, and digitizing thousands of Sarasin specimens in the Herbaria Basel and the United Herbaria Zurich. By expanding our digitization efforts to additional fern specimens in our herbaria, we will make 60'000 digital specimens publicly available for science and society.

Historical Swiss Plant and Fungi Wet Collections: Rare and Hidden Treasures
Alexander Kocyan (Botanisches Museum der Universität Zürich), Katja Rembold (Herbarium of the Botanical Garden of the University of Bern)

Wet collections of plants and fungi are comparatively rare, since these organisms are mostly preserved as dried herbarium specimens or bulk collections. Preserving plants and fungi in ethanol-based fluids has the great advantage, that 3-dimensional structures (e.g. of flowers) can be preserved and the tissue remains intact for anatomical analyses. To our knowledge, the Botanical Museum of the University of Zurich and the Herbarium of the Botanical Garden of the University of Bern contain the two largest historical wet collections in Switzerland with a total of ± 2250 specimens that were collected in its majority more than a century ago. Both collections contain unique specimens – including type specimens – and are mainly stored in hand-made jars with finely arranged plants and fungi for display. Unfortunately, both collections are in urgent need of conditioning and harmful substances such as formaldehyde were detected in the fluids. To preserve these unique collections and make them accessible, our project has four main goals: detoxification, restauration, reviewing, and digitalization. All data will be connected to the Swiss Virtual Natural History Collection. This opens up a large potential for future research projects and collaborations. Both collections represent unique Swiss cultural and scientific heritages and their digitalization is a valuable contribution to the protection and conditioning of these Swiss cultural possessions of national importance.

Numérisation des biobanques botaniques suisses de semences et d'ADN
Perret Mathieu (Conservatoire et Jardin botaniques de la Ville de Genève), Andreas Ensslin, Yamama Naciri, Raoul Palese (Conservatoire et Jardin botaniques de Genève)

Les référentiels de biodiversité tels que les banques de semences et d'ADN sont des piliers fondamentaux pour étudier et conserver notre capital naturel. La conservation de graines vivantes ouvre la voie à des recherches, non seulement sur les graines elles-mêmes, mais aussi sur le développement, l'écologie et la biologie de la plante à laquelle elles donnent naissance. Les collections d'ADN, quant à elles, revêtent une importance stratégique pour la recherche génétique, notamment pour déduire les relations phylogénétiques entre les lignées et évaluer la diversité génétique au sein des espèces sauvages ou cultivées. Malgré l'importance de ces ressources génétiques, l’informations associées à ces échantillons n'est pas encore disponible sous forme digitale. Les données de la banque nationale de semences et de la banque d'ADN du CJBG sont en effet éparpillées dans différents fichiers non accessibles au public. Notre objectif est de numériser ces informations en utilisant le système de base de données Botalista (https://botalista.community/about). Ce projet facilitera la gestion de ces biobanques et le développement de pratiques de conservation communes aux différents sites et institutions. Il assurera également le lien entre l'échantillon conservé (p.ex. lot de graines, extrait d’ADN) et les riches informations sur la biodiversité qui lui sont liées (p.ex., spécimens d'herbier, biologie et distribution des espèces, tests de germination, données génétiques...) et facilitera le transfert de données vers les portails dédiés à la biodiversité comme Info Flora, le GBIF et la Collection virtuelle suisse d'histoire naturelle, lorsqu'il sera opérationnel.